Un édifice d'une rare beauté. Avec sa forme octogonale, il est situé dans une position qui le place au sommet de la ville, il représente une touche d'art baroque sur le toit de San Fratello.
L'église du Crucifix de San Fratello ressemble à une église baroque, avec des moulages en plâtre à l'intérieur et des festons décorés d'or. À l'extérieur, il a trois entrées, dont deux sont supprimées. La centrale voûtée, aujourd'hui fermée, est orientée à l'ouest et était autrefois censée être l'entrée principale, avec un escalier d'accès qui a été supprimé après la fermeture. La clef de voûte de l'arc, en marbre blanc, est constituée d'un bas-relief à tête d'ange et est surmontée de sculptures, également en bas-relief, qui représentent une Pietà et des symboles de la passion du Christ (les trois clous de la crucifixion ; colonne de la flagellation superposée à la canne qui supporte l'éponge qui a été imbibée de vinaigre et offerte à Jésus mourant sur la croix ; l'échelle avec laquelle le Christ a été descendu de la croix est superposée à la lance avec laquelle le soldat Marco Longinus a frappé le coffre du Crucifix et enfin la couronne d'épines).
Le bâtiment est situé dans le célèbre village de la ville et est de forme octogonale, typique des baptistères, et selon toute probabilité, c'était à l'origine sa fonction de soutien à l'église voisine de San Nicolò di Bari, aujourd'hui détruite, déjà existante depuis le début seizième siècle.
La forme octogonale respecte la symbolique des baptistères : le chiffre huit représente le "huitième jour" de la semaine, ou plutôt le "nouveau jour", celui de l'éternité ; mais ce nombre indique aussi la Pentecôte et le Baptême. Cependant, on sait peu de choses sur la destination originelle de cette église, on connaît plutôt sa consécration actuelle au Crucifix.
La structure a trois entrées, suivant la typicité des baptistères et la symbologie médiévale. La porte principale, aujourd'hui murée, est orientée à l'ouest afin de permettre l'entrée à l'est, vers le soleil levant qui représente le Christ. La porte au sud, également murée, porte une croix de marbre sur l'architrave et possède encore un escalier d'accès. La légende populaire raconte que ces deux portes étaient continuellement soufflées par le vent et les mères disaient aux enfants du XIXe siècle dans une berceuse que la solution était de ne laisser que celle ouverte "a la tramuntana". En fait, la seule porte d'entrée remplissant aujourd'hui cette fonction est celle orientée au nord dont l'architrave est surmontée d'un bas-relief représentant le linge de Véronique à l'image du Christ.
Après la destruction, due à des glissements de terrain, de l'église de San Nicolò et de la plupart des autres églises de San Fratello, l'église du Crucifix, qui a résisté aux événements naturels parce qu'elle a été construite sur un éperon rocheux, doit être considérée comme une œuvre important à la fois pour la ville et pour toute la région de Nebrodi.